云南有机肥的突出作用是改善土壤有机质。土壤中的有机质可以显著改善土壤的理化特性，提高土壤耕作能力，提高渗水能力，提高土壤蓄水、肥料保护、肥料供应和抗旱防涝能力，这是化肥不可替代的。有机肥不仅能防止生态环境恶化，提高环境质量，而且在农业生产中发挥着巨大的作用。
1.提高土壤肥力
土壤中95%的微量元素以不溶形式存在，不能被植物吸收利用。微生物代谢物中含有大量的有机酸，就像冰中加入的热水一样，能迅速溶解钙、镁、硫、铜、锌、铁、硼、钼等植物必需的矿物质元素，成为植物可以直接吸收利用的营养元素，大大提高了土壤的供肥能力。
有机肥中的有机质增加了土壤中的有机质含量，降低了土壤粘结度，增强了砂土保水保肥性能，使土壤形成稳定的颗粒结构，发挥了良好的肥力协调供应能力。使用有机肥后，土壤会变得松散和肥沃。
2.提高土壤质量，促进土壤微生物繁殖
云南有机肥能使土壤中的微生物大量繁殖，特别是许多有益的微生物，如固氮菌、氨化菌、纤维素分解菌等。.这些有益微生物可以分解土壤中的有机物，增加土壤的颗粒结构，改善土壤组成。
微生物在土壤中繁殖得很快，它们就像一个看不见的网，复杂而复杂。微生物菌体死亡后，土壤中留下了许多细管，不仅增加了土壤的透气性，而且使土壤蓬松柔软，营养水分不易流失，提高了土壤储存能力，避免和消除了土壤的硬化。
有机肥中的有益微生物也能抑制有害细菌的繁殖，从而减少用药。如果连续使用多年，可以有效抑制土壤有害生物，节约劳动力，省钱，无污染。
同时，有机肥料包括动物消化道分泌的各种活性酶和微生物产生的各种酶。这些物质在土壤中施用后，可以大大提高土壤的酶活性。长期使用有机肥可以提高土壤质量。从根本上提高土壤质量，不怕种植水果。
3、提供农作物所需营养，保护农作物根茎
有机肥料含有大量的营养物质、微量元素、糖和脂肪。
分解释放有机肥CO2可作为物光合作用的材料。有机肥还含有氮、磷、钾三要素，有机质45%，能为作物提供营养。
同时，必须提到有机肥在土壤中分解，可转化形成各种腐殖酸是一种聚合物，具有良好的复合吸附性能，对重金属离子具有良好的复合吸附效果，可有效减少重金属离子对作物的毒性，防止其进入植物，保护腐殖酸物质的根。
4.增强作物抗病、抗旱、抗涝能力
云南有机肥含有维生素、抗生素等，可以增强作物的抗性，减少或预防疾病的发生。有机肥施入土壤后，可提高土壤的蓄水保水能力，提高干旱作物的抗旱能力。
同时，有机肥还能疏松土壤，改善作物根系生态环境，促进根系生长，增强根系活力，提高作物耐涝性，降低植物死亡率，提高农产品生存率。
提高食品安全性和绿色性
我国已明确规定，农业生产过程必须限制无机肥料的过度使用，有机肥是绿色食品生产的主要肥源。由于有机肥中的各种营养元素相对完整，这些物质是完全无害、无污染的天然物质，为生产高产、无污染的绿色食品提供了必要的条件。上述腐殖酸物质重金属离子对植物的危害，相当于减少重金属对人体的危害。
5.提高作物产量
有机肥中的有益微生物利用土壤中的有机物产生二次代谢物，其中含有大量的促生长物质。例如，生长素可以促进植物的伸长和生长，脱落酸可以促进果实的成熟，赤霉素可以促进开花和坐果，增加开花数量和保果率，提高产量，使果实饱满、鲜嫩，提前上市，增加产量和收入。
6.减少营养流失，提高化肥利用率
化肥的实际利用率只有30%~45%。损失的化肥部分解释放入大气中，部分随水土流失，部分固定在土壤中，不能直接被植物吸收利用。
施用有机肥后，由于有益生物活性，土壤结构得到改善，土壤保水保肥能力得到提高，养分流失得到减少。此外，有益微生物解磷解钾，化肥的有效利用率可提高到50%以上。

有机肥的优点表明它是不可替代的。与化肥相比，未来人们将相应选择有机肥。有机肥的广泛使用将有效降低农业生产成本和环境污染，满足现代农业可持续发展的要求。

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