综合考虑有机肥的来源、性质、制造方式和未来发展等方面，有机肥可以被简单划分为农家肥、秸秆、绿肥商品有机肥等几大类。此外，草炭、城市污泥等也是重要的有机肥源。可见，有机肥料的来源广、数量大。我国地域辽阔，人口众多，有着丰富的有机肥料资源。可以说哪里有农业、畜牧业，哪里就有生物有机肥源，并且随着农业的发展，有机肥资源越丰富。

1.农家肥：是农民自积自用的有机肥，主要包括人畜粪尿、厩肥、饼粕、堆肥和沤肥等。这类肥料一般分布广而散，较适合分散条件下的种植户。

2.绿肥：几千年来，利用绿肥是我国种植业的基本经验之一，也是我国农业土壤历经数千年依然保持稳产、高产的重要措施。当前，人们对农产品质量的要求越来越高，而绿肥对生态以及设计品种资源、种植利用方式等，根据过去肥料分类，绿肥并不作为有机肥，但无论是刈割后异地翻压或覆盖、就地压青或覆盖还是根茬利用，绿肥的主要作用都与有机肥相同或类似。
3.秸秆：是用来还田或覆盖的作物残体，主要包括麦秸、稻草、豆秸和玉米秸等。未来种植业必须大理发展秸秆利用这一方向，通过充分利用秸秆资源，达到养分和能源物质循环利用的目的，从而保持和提高土壤肥力。
4.商品有机肥：也就是人们常说的茎枝有机肥料，是指以富含有机质的副产品资源如畜禽粪便、动植物残体、城市垃圾等为主要原料，经发酵腐熟后制成的肥料。此类肥料已经发布了农业行业标准。